复旦大学上海医学院设有本科专业10个:临床医学(八年制)、临床医学(五年制)、临床医学(六年制)、口腔医学、基础医学、法医学、预防医学、公共事业管理、药学、护理学。现有博士学位授予权的一级学科9个(医学门类6个,非医学门类3个),专业学位博士授权点3个,设有博士后科研流动站8个:生物学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、公共管理(医)、护理学。
复旦大学上海医学院拥有专任教师753人、专职科研人员206人,其中高级职称631人。有中国科学院院士10人,中国工程院院士5人。全院在校生12285人,其中博士研究生4208人(含港澳台生32人,留学生13人),硕士研究生3776人(含港澳台生33人,留学生38人),普通本科生4301人(含港澳台生83人,留学生228人)。
复旦大学上海医学院设有直属院所平台14个:基础医学院、临床医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、口腔医学院、生物医学研究院、脑科学研究院、放射医学研究所、实验动物科学部、脑科学转化研究院、上海市重大传染病和生物安全研究院、生殖与发育研究院(筹)、智能医学研究院(筹)。有附属医院18所(含筹):复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院、复旦大学附属肿瘤医院、复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属儿科医院、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院、复旦大学附属金山医院、复旦大学附属上海市第五人民医院、上海市(复旦大学附属)公共卫生临床中心、复旦大学附属华东医院、复旦大学附属浦东医院、复旦大学附属静安区中心医院、复旦大学附属闵行医院、复旦大学附属质子重离子医院、复旦大学附属青浦区中心医院、复旦大学附属徐汇医院、复旦大学附属精神卫生中心(筹)、复旦大学附属口腔医院(筹)。
复旦大学上海医学院现有基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、护理学6个一级学科,口腔医学一级学科也正在筹建中。其中基础医学、临床医学、药学、中西医结合4个学科入选为首轮国家“双一流”建设学科,基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合3个学科入选上海高峰学科建设计划。有国家老年疾病临床医学研究中心、国家放射与治疗临床医学研究中心和国家儿童医学中心(上海)、国家神经疾病医学中心、国家传染病医学中心;有国家重点实验室1个:医学神经生物学;教育部重点实验室5个:医学分子病毒学、代谢分子医学、智能化递药、公共卫生安全、癌变与侵袭原理;教育部前沿科学中心1个:脑科学;国家卫健委(卫生部)重点实验室9个:糖复合物、抗生素临床药理、手功能重建、卫生技术评估、医学分子病毒学、听觉医学、近视眼、病毒性心脏病、新生儿疾病,上海市重点实验室14个:周围神经显微外科、医学图像处理与计算机辅助技术、器官移植、女性生殖内分泌相关疾病、肾脏疾病与血液净化、视觉损害与重建、乳腺肿瘤、出生缺陷防治、老年医学临床、医学表观遗传学、肺部炎症与损伤、脑功能重塑及神经再生、传染病与生物安全应急响应、放射肿瘤学。