学校坚持社会主义办学方向，全面贯彻党的教育方针，实行理事会领导下的校长负责制。秉持“厚植科学基础、立志创新发展、服务中国式现代化”的办学思想，以“敬天爱人、止于至善”为校训，以报国为民，立德树人，科教兴国为办学宗旨，按照“高起点、小而精、研究型、国际化”的办学定位，精心规划和实施教学科研活动。
学校坚持“面向世界科技前沿、面向经济主战场、面向国家重大需求、面向人民生命健康”，秉持“前沿驱动、问题导向、需求牵引、学研产协同、人才培养为本”五大原则，设立计算与人工智能学院、智造与未来技术学院、运载与智慧交通学院、新材料与新能源学院、生命与健康科学学院、数字经济与管理学院、文理学院和马克思主义学院等八个学院，坚持推进教育科技人才协同融合发展，着力培养具有多学科背景、创新能力和国际视野的拔尖创新人才。同时，在深入研究教育教学规律、人才成长规律、人口演变规律和人力资源供求规律基础上，充分借鉴国内外有益经验，实行本硕博贯通的培养方式。
福耀科技大学将勇担时代之责，立足福建、扎根中国、面向世界、着眼未来，坚持创新驱动引领高质量发展，努力探索出一条为党育人、为国育才的新型研究型大学创新发展之路。